Sau khi khởi đầu sự nghiệp thành công tại giải vô địch bóng đá Nigeria, Yekini đến Bờ Biển Ngà chơi cho câu lạc bộ Africa Sports. Từ đó ông tới Bồ Đào Nha chơi cho Vitoria Setubal, trở thành một trong những tay săn bàn hàng đầu của Giải bóng đá vô địch quốc gia Bồ Đào Nha. Phong độ cao trong thời gian đó đã giúp Yekini giành được danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất châu Phi năm 1993.

Sau World Cup 1994 ông sang chơi cho Olympiakos, nhưng không hoà nhập được với đồng đội và phải chuyển đi. Sự nghiệp câu lạc bộ của Yekini từ đó không trở lại được thời đỉnh cao, dù đã có một lần quay trở lại Setúbal. Ông có một mùa giải khá thành công (1998–99) với các câu lạc bộ FC Zürich, Bizerte và Al-Shabab trước khi tới Africa Sports. Năm 2003, khi đã 39 tuổi, Yekini trở về quê hương đá cho Julius Berger.

Năm 2005, khi đã 41 tuổi, ông có một thời gian ngắn ra sân thi đấu cùng cựu đồng đội ở tuyển quốc gia Mobi Oparaku một mùa ở Gateway F.C. trước khi giải nghệ.